systems biology पेपर

A Reproducible Dual-Model Constraint-Based Framework for Exploring Hepatic Energy Metabolism Under Stachys affinis-Derived Short-Chain Fatty Acid Scenarios

यह अध्ययन एक पुनरुत्पादनीय दोहरी-मॉडल बाधा-आधारित ढांचे (dual-model constraint-based framework) का उपयोग करता है यह प्रदर्शित करने के लिए कि *Stachys affinis* से प्राप्त स्टैचियोज-व्युत्पन्न लघु-श्रृंखला फैटी एसिड (short-chain fatty acids) खुराक-निर्भर तरीके से यकृत (hepatic) ATP उत्पादन को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाते हैं, जबकि साथ ही लक्षित मार्ग बहाली (targeted pathway restoration) के माध्यम से Recon3D मॉडल में एक महत्वपूर्ण प्रोपियोनेट कैटाबोलिज्म अंतराल की पहचान और क्रॉस-वैलिडेट करता है।

Nguyen, A. T., Nguyen, B. A.2026-03-30

📄 systems biology

Targeting cancer-associated fibroblasts for treatment of ER+ breast cancer: A mathematical modeling perspective and optimization of treatment strategies

यह अध्ययन एक गणितीय मॉडलिंग ढांचे और इष्टतम नियंत्रण सिद्धांत (optimal control theory) का उपयोग यह प्रदर्शित करने के लिए करता है कि विशिष्ट सिग्नलिंग निषेध रणनीतियों के माध्यम से कैंसर-संबद्ध फाइब्रोब्लास्ट्स को लक्षित करना, एस्ट्रोजन-स्वतंत्र ट्यूमर वृद्धि को कम करके ER+ स्तन कैंसर के लिए एंडोक्राइन उपचारों की प्रभावकारिता को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ा सकता है।

Akman, T., Pietras, K., Köhn-Luque, A., Acar, A.2026-03-30

📄 systems biology

A Systems Framework for Quantifying Programmability and Persistence Across Mammalian Cell Types

यह समीक्षा 50 से अधिक स्तनधारी कोशिका आबादी के डेटा को संश्लेषित करती है ताकि एक एकीकृत प्रोग्रामेबिलिटी और पर्सिस्टेंस स्कोर (PPS) और पारेटो फ्रंटियर विश्लेषण पेश किया जा सके, जो जीवनकाल, एनग्राफ्टमेंट, इम्यूनोजेनेसिटी और स्ट्रेस रेजिलिएंस के बीच संतुलन बनाकर विविध ट्रांसलेशनल अनुप्रयोगों के लिए इष्टतम कोशिका प्रकारों के मात्रात्मक चयन को सक्षम बनाता है।

Chauhan, V., Chen, M., Sridharan, A. T., Pan, L.2026-03-30

📄 systems biology

A Cohort-Based Global Sensitivity Benchmark of MRI-Derived Whole-Heart Electromechanical Models in Healthy Hearts

यह अध्ययन पांच स्वस्थ विषयों में रोगी-विशिष्ट चार-कक्षीय इलेक्ट्रोमैकेनिकल हृदय मॉडलों के लिए एक वैश्विक संवेदनशीलता बेंचमार्क स्थापित करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि अंतर-व्यक्तिगत शारीरिक विविधताओं के बावजूद हेमोडायनामिक लोडिंग स्थितियाँ निरंतर संपूर्ण-हृदय कार्यात्मक आउटपुट पर हावी रहती हैं।

Rahmani, S., Pouliopoulos, J., W. C. Lee, A., Barrows, R. K., Solis-Lemus, J. A., Strocchi, M., Rodero, C., Qayyum, A. (…)2026-03-30

📄 systems biology

Glycan Reachability Analysis: A Bottleneck-Aware Frameworkfor Inferring Tissue-Specic Glycan Biosynthetic Potential fromTranscriptomics

यह शोध पत्र 'ग्लाइकेन रीचेबिलिटी एनालिसिस' नामक एक बॉटलनेक-अवेयर फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो सबसे कम प्रचुर घटक के आधार पर पाथवे क्षमता को मात्रात्मक बनाकर ट्रांसक्रिप्टोमिक्स से ऊतक-विशिष्ट ग्लाइकेन बायोसिंथेटिक क्षमता का अनुमान लगाता है, जिससे मात्रात्मक जैविक भिन्नता को पकड़ने में बाइनरी थ्रेशोल्ड विधियों की सीमाओं को दूर किया जा सके।

Matsui, Y.2026-03-27

📄 systems biology

MINGL Quantifies Borders, Gradients, and Heterogeneity in Multicellular Tissue Organization

MINGL एक संभाव्य ढांचा (probabilistic framework) है जो विविक्त स्थानिक-ओमिक्स (discrete spatial-omics) पड़ोस एनोटेशन को ऊतक संरचना के निरंतर मापों में परिवर्तित करता है, जिससे विविध जैविक संदर्भों में सेलुलर ग्रेडिएंट्स, इंटरफ़ेस विषमता और पदानुक्रमित अंतःक्रियाओं का परिमाणीकरण संभव होता है।

Van Batavia, K., Wright, J., Chen, A., Li, Y., Hickey, J. W.2026-03-26

📄 systems biology

VIOLIN: A modular framework for scalable reconciliation of heterogeneous interaction graphs

यह शोध पत्र VIOLIN को प्रस्तुत करता है, जो एक मॉड्यूलर और कॉन्फ़िगर करने योग्य पायथन फ्रेमवर्क है जो वैज्ञानिक साहित्य से निकाले गए विषम आणविक अंतःक्रिया ग्राफों को संबंधों को पुष्टिकरण, विरोधाभास, ध्वजांकित मामलों या विस्तार के रूप में वर्गीकृत करके क्यूरेटेड बेसलाइन मॉडलों के साथ व्यवस्थित रूप से सामंजस्य स्थापित करता है, जबकि विभिन्न एनएलपी प्रणालियों और लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स में उच्च स्थिरता, व्याख्यात्मकता और विशेषज्ञ क्यूरेशन के साथ संरेखण प्रदर्शित करता है।

Luo, H., Hansen, C. E., Arazkhani, N., Telmer, C. A., Tang, D., Zhou, G., Spirtes, P., Miskov-Zivanov, N.2026-03-25

📄 systems biology

The Gibbs free energy landscape based on liver metabolome revealed thermodynamic robustness against fasting and obesity

एक नवीन कम्प्यूटेशनल विधि का उपयोग करके माउस लिवर के ग्लूकोज चयापचय के गिब्स मुक्त ऊर्जा परिदृश्य (Gibbs free energy landscape) को मैप करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि यह अंग उपवास और मोटापे, दोनों के कारण होने वाले चयापचय परिवर्तनों के विरुद्ध पर्याप्त एंजाइम अभिव्यक्ति लागतों के माध्यम से ऊष्मप्रवैगिकी सुदृढ़ता (thermodynamic robustness) बनाए रखता है, जो कुशल चयापचय स्विचिंग सुनिश्चित करने के लिए मेटाबोलाइट उतार-चढ़ाव को बफर करता है।

Abekawa, T., Ohno, S., Hirayama, A., Soga, T., Kuroda, S.2026-03-25

📄 systems biology

NeighborFinder: an R package inferring local microbial network around a species of interest

यह शोध पत्र नेबरफाउंडर (NeighborFinder) का परिचय देता है, जो एक कुशल R पैकेज है जो क्रॉस-वैलिडेटेड पेनलाइज्ड रिग्रेशन का उपयोग करके व्याख्या योग्य, प्रजाति-केंद्रित स्थानीय सूक्ष्मजीवी नेटवर्क को इन्फर करता है, जो बड़े मेटाजेनोमिक डेटासेट के लिए गणनात्मक रूप से गहन वैश्विक नेटवर्क इन्फरेंस विधियों के मुकाबले एक लक्षित विकल्प प्रदान करता है।

Sola, M., Paravel, A., Auger, S., Chatel, J.-M., Plaza Onate, F., Le Chatelier, E., Leclerc, M., Veiga, P., Frioux, C. (…)2026-03-25

📄 systems biology

A graph-based learning approach to predict the effects of gene perturbations on molecular phenotypes

यह शोध पत्र एक सामान्य ग्राफ-आधारित मशीन-लर्निंग दृष्टिकोण प्रस्तुत करता है जो विभिन्न आणविक फेनोटाइप्स पर जीन व्यवधानों (gene perturbations) के प्रभावों की सटीक भविष्यवाणी करता है, जो मौजूदा डेटा का लाभ उठाकर लक्ष्यों को प्राथमिकता देने, तंत्रों की परिकल्पना करने और अनमापे गए जीन एवं फेनोटाइप्स में सामान्यीकरण करने के माध्यम से व्यापक प्रयोगात्मक स्क्रीनिंग के एक लागत प्रभावी विकल्प के रूप में कार्य करता है।

Jin, Y., Sverchkov, Y., Sushkova, A., Ohtake, M., Emfinger, C., Craven, M.2026-03-25

← पिछला अगला →